プロセスカラー印刷はCMYKのカラーを使用して印刷しますが、Illustrator・InDesign・Photoshop上では制作する途中で特色データで作成した方が便利ということで、特色で作成し、その後、CMYKカラーに変換してご入稿を行うということがあるかと思います。
この最後の「CMYKカラーに変換」を忘れて、特色データが残ったままの入稿データだと、印刷時に特色データの部分のカラーが抜けてしまったり、周辺のカラーが変化してしまったりする印刷エラーが発生することがあります。
Acrobat 9 Proでは機能でPDFデータに特色データが残っているかどうかを確認できる機能がありますので、入稿前に特色データが入稿データに残っていないかを確認しておきましょう！
詳しい手順は以下のページをご覧下さい。