概要
Illustratorのデータを、PDF形式で保存（変換）したら、「ドキュメントの保存時に次の問題が発生しました」という警告のダイアログにて『必要なフォントを埋め込むことができなかったため、ドキュメントは「PDF/X」を指定せずに保存されました。』と警告され、PDF/X形式で保存できない問題について紹介します。
実例
以下のデータを作成します。
レイヤー２にアウトライン化しないフォント、レイヤー１にアウトライン化したフォントを配置します。
アウトライン化しないフォントがあるレイヤー２をレイヤーパネルで非表示にします（隠します）。
このファイルを、使っているフォントが無い環境で開きます。
「ドキュメントで使用されているフォントは、システムにないか、形式が異なります」という警告ダイアログにて『フォントがシステム上にありません。見つからないフォントは代替されました。』と表示されます。
アウトライン化しないフォントがあるレイヤー２をレイヤーパネルでみてみると、既に代替フォントで表示されていることがわかります。
PDF/X-1a形式で保存した場合
このままPDF/X-1a形式で保存してみます。
すると、「ドキュメントの保存時に次の問題が発生しました」という警告のダイアログにて『必要なフォントを埋め込むことができなかったため、ドキュメントは「PDF/X」を指定せずに保存されました。』と警告されます。
PDFファイルはできあがっているのでAcrobatで開いてプロパティを見てみると、フォント情報は存在していません。
PDF/X-4形式で保存した場合
同様に、PDF/X-4形式で保存してみます。
特に警告のダイアログは表示されず、PDF/X-4形式で保存されました。
同じPDF/X-4形式でも、オプションの「上位レベルのレイヤーからAcrobatレイヤーを作成」にチェックを付けて保存してみます。（これもPDF/X-4形式として認められています）
すると、先程と同じく、フォントが埋め込めなかったので「PDF/X形式」にならないという警告が表示されます。（PDFのファイルは生成されますがPDF/X-4形式ではありません）
まとめ
非表示のレイヤーであっても、このようにPDF保存に影響が出る場合があるので、PDF保存前に非表示のレイヤーを削除しておきましょう。